東京大学は現在、15大学院、10学部、11附置研究所、全学センター等により構成されておりますが、この中で本所は最大規模の附置研究所として1949年（昭和24年）5月31日に設置され、現在、５研究部門、１特別研究部門、１客員部門、２寄付研究部門、６社会連携研究部門、千葉実験所、価値創造デザイン推進基盤、10研究センター、５連携研究センター、２国際連携研究センター、共通施設、事務部各チーム、技術部等により構成されております。
本所の教員は各専門分野で研究活動を進めるとともに、大学院においては工学系または理学系研究科等の各専攻課程に分属して、大学院学生を対象とした講義・実験・演習・研究会等を担当し、修士および博士論文のための研究指導に従事しております。
本所は５研究部門制を採用しており、基本的にすべての研究室は各部門に所属しており、そこで進められた研究の成果を基礎として、複数の分野の研究者が密接な協力体制を組むことにより、グループ研究を行っております。特に戦略的に重要と考えられるプロジェクト研究では、「研究センター」が組織され、そこを中心に研究が実施されています。共通施設や事務部各チームはこの研究体制を支えています。