半導体や金属などの電子材料の超微細加工は、エレクトロニクス、フォトニクス、バイオ研究にとって必要な技術であり、クリーンルームは試料やデバイスへの不純物や欠陥の混入を極限まで抑制するために不可欠なインフラです。本館とCCR棟合わせて約1,000 m²超の面積を持つ本所のクリーンルームでは、超微細トランジスタやナノフォトニック構造、パワーデバイス、MEMSなどの作製に必要な最先端のプロセス装置（酸化炉、分子線エピタキシーなどの結晶成長装置、薄膜堆積装置、イオンエッチング装置、電子ビーム露光装置など）が稼働しています。