駒場分析コアは所内の大型分析装置群を管理・運用するための分科会です。分析装置の共同利用を通して学内外研究組織、民間企業（特にベンチャー企業）をサポートすることで、学術研究の発展とベンチャービジネスにおけるイノベーションの創出に貢献することを目的としています。
現在、集束イオンビーム加工装置（FIB-SEM）、共焦点顕微鏡、質量分析装置、セルソーターが主に稼働しています。装置の共同利用に加えて、利用のためのトレーニング、各種分析技術に関する相談も行っています。