本学とフランス国立科学研究センター（CNRS）との間に結ばれた学術交流協定に基づき創設されたLIMMS/CNRS-IISは，1995年の創設以来，その活動が評価され，2004年度よりCNRS の正式な国際共同研究組織UMI（Unité Mixte Internationale, 現IRL= International Research Laboratory）に昇格した．これまでにフランス，ヨーロッパからの研究員を2021年度（2021.4～2022.3）は49名（インターンシップ生7名およびフランスSMMiL-Eにて受け入れた13名を含む）受け入れ，LIMMS 設置からの累計は304名（フランスSMMiL-E受入れ含む）となっている．

2011年12月には欧州連合第7次枠組み計画（EU-FP7）によるEUJO-LIMMS（Europe-Japan Opening of LIMMS）プログラムが採択され，我が国初の欧州国際共同研究ラボとして，スイス連邦工科大学ローザンヌ校（EPFL），ドイツフライブルグ大学マイクロテクノロジー研究所（IMTEK），フィンランド技術研究センター（VTT），オランダトゥエンテ大学MESA+からも研究者を受け入れて共同研究を進めた（2016年5月終了）．2014年にはLIMMSのミラーサイトとして，フランス・リール市に癌研究を主目的とした研究組織SMMiL-Eを現地研究機関と共同で設置しバイオMEMS関連の共同研究を実施している．また，SMMiL-Eを中心とする欧州地域の研究者やEUとのネットワーク形成，プロジェクトの管理・サポートを目的とし，2015年には東京大学生産技術研究所ヨーロッパ連携事務所（IBEC）を開設した．なお，2019年度より, 本学とフランスを中心とする欧州（フランス，スイス）の医療機関との本格ネットワーク構築を課題としたプロジェクト「日欧先進臨床医工学連携研究拠点」が日本学術振興会の研究拠点形成事業，A. 先端拠点形成型（Core-to-Core）に採択され，SMMiL-E, コンピエーニュ工科大学, EPFL 等への派遣と共同研究を支援している．また，2021年4月には，全学の連携研究機構「学際融合マイクロシステム国際連携研究機構LIMMS」を創設し高度なマイクロ・ナノデバイス技術と，特に医療，ハイブリッド設計・材料，および情報科学分野における部局間連携の拡充を図り，融合研究を強化している．