本学とフランス国立科学研究センター（CNRS）との間に結ばれた学術交流協定に基づき創設されたLIMMS/CNRS-IISは，1995年の創設以来，その活動が評価され，2004年度よりCNRSの正式な国際共同研究組織UMI（Unité Mixte Internationale）に昇格した．これまでにフランス，ヨーロッパからの研究員を令和2年度（2020.4～2021.3）は50名（インターンシップ生12名及びフランスSMMiL-Eにて受け入れた16名を含む）受け入れ，LIMMS設置からの累計は265名（フランスSMMiL-E受入れ含む）となっている．

2011年12月には欧州連合第7次枠組み計画（EU-FP7）によるEUJO-LIMMS（Europe-Japan Opening of LIMMS）プログラムが採択され，我が国初の欧州国際共同研究ラボとして，スイス連邦工科大学ローザンヌ校（EPFL），ドイツフライブルグ大学マイクロテクノロジー研究所（IMTEK），フィンランド技術研究センター（VTT），オランダトゥエンテ大学MESA＋からも研究者を受け入れて共同研究を進めた（2016年5月終了）．2014年にはLIMMSのミラーサイトとして，フランス・リール市に癌研究を主目的とした研究組織SMMiL-Eを現地研究機関と共同で設置しバイオMEMS関連の共同研究を実施している．また，SMMiL-Eを中心とする欧州地域の研究者やEUとのネットワーク形成，プロジェクトの管理・サポートを目的とし，2015年には東京大学生産技術研究所ヨーロッパ連携事務所（IBEC）を開設した．なお，2019年度より, 本学とフランスを中心とする欧州（フランス，スイス）の医療機関との本格ネットワーク構築を課題としたプロジェクト「日欧先進臨床医工学連携研究拠点」が日本学術振興会の研究拠点形成事業，A.先端拠点形成型（Core-to-Core）に採択され, SMMiL-E, コンピエーニュ工科大学, EPFL等への派遣と共同研究を支援している．