令和6年度(2024)有機化学I Organic Chemistry I(大学2年化学・生命系3学科の有機反応化学既修者ならびに大学院生対象,A1ターム 月3限・木2限)
[Last modified 2024/10/02 17:15]

準教科書的書籍:ウォーレン「有機化学第2版」(東京化学同人)本講義で主に扱うのは上巻の2, 3, 4, 5, 7, 8, 13, 14, 16章。6章も多少触れます。  Semi-Textbook: Claydon, Greeves, Warren, Organic Chemistry, 2nd ed., Oxford Univ Pr (mainly Chaps. 2, 3, 4, 5, 7, 8, 13, 14, 16, and slightly Chap. 6)

大きな主題は”有機化合物の構造決定”,”酸と塩基”,”立体化学”の3つ。Three main topics: structural determination of organic compounds, acid and base, stereochemistry
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工藤からのメッセージ:
有機化学は他人に教わるものではありません。自分で会得するものです。教科書の読破(できれば原書)と自ら手を動かすこと,これがなによりの勉強法です。 質問はこちらまで(本講義に直接関連しなくても,また講義期間外でも歓迎します)。 The best way to learn organic chemistry is to read through the textbook and to draw chemical schemes by yourself. Any questions by email are welcome.

【参考1】副読本

一口に有機反応化学既修と言っても,その理解度には個人差があると思います。基礎の部分で不安がある場合は,拙著「化学はじめの一歩シリーズ4 有機化学」(工藤・渡辺共著,化学同人2500円+税)の前半部分を読むことをお薦めします。Kindle版もあります。

【参考2】有機化学関連の有用なサイト useful websites on organic chemistry

1) 有機化合物命名法に関して nomenclature of organic compounds
有機化学 plus on web (PDF, 33 pages)。
このサイトは命名以外にもスペクトルの説明(含・演習),小テストなどもあって,初学者にはかなりよい。
https://www.maruzen-publishing.co.jp/contents/yukiplus/book_magazine/yuki_shohan/web/index.html
(左フレームの「有機化合物命名法」や「スペクトルによる分子構造の決定法」をクリック。 )
Wikipedia IUPAC命名法
http://ja.wikipedia.org/wiki/IUPAC%E5%91%BD%E5%90%8D%E6%B3%95

2) 有機化合物のpKa一覧 pKa value of organic compounds
Bordwell pKa table
http://www.chem.wisc.edu/areas/reich/pkatable/index.htm

3) 芳香族化合物などの電子分布(静電ポテンシャル)図 electrostatic potential map of molecules
https://baranlab.org/wp-content/uploads/2024/03/ElectrostaticPotentialMaps_Heterocycles.pdf

4) 分子軌道計算 molecular orbital calculation
WebMO オンライン上の分子軌道計算サーバ。ブラウザでアクセスするのでプラットフォームに依存しない。DEMO版は無料だがマシンタイム60秒が上限なのであまり大きな分子は計算できない。 結果はファイルとしてダウンロード可能。
https://www.webmo.net/

winmoster 分子モデルの構築と半経験的分子軌道法計算を行うソフトウェア。商用版と同じ機能をもつ学生版が無償で入手できる。名前の通り,Windowsマシン用のソフト。VirtualBoxなどを用いることでMacOS, Linuxでも動作するとのこと。
http://winmostar.com/jp/

mopac2016  win, mac, linux版がある。計算に特化したソフトであり,GUIを持たない。次項のAvogadroと併用するとよい。(上記のwinmosterの計算の実質的な部分はこのmopacによって行われている。) 
http://openmopac.net/MOPAC2016.html

5) 分子モデル表示 molecular modelling
Avogadro(英語) win, mac, linux版がある。分子モデル作成・表示の他,分子軌道計算用のファイルの生成,計算結果の読み込み,分子軌道表示が可能。
https://avogadro.cc/


rasmol (英語)
http://www.bernstein-plus-sons.com/software/rasmol/

6) 構造式描画 structural formula drawing
Chemsketch(英語)
http://www.acdlabs.com/resources/freeware/chemsketch/

7) タンパク質・核酸構造データベース protein/nucleic acid structural database
Protein data bank
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

8) 化学データベース(学内のみ) chemistry database
CAS SciFinder Discovery Platform  
https://scifinder.cas.org/
詳しくは東大図書館のHPに情報あり
https://www.lib.u-tokyo.ac.jp/ja/library/contents/database/57

9) 有機化合物のスペクトルデータベース spectral database of organic compounds
ただいろいろな化合物のスペクトルを見るだけでも大変勉強になります。
https://sdbs.db.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi

10) スペクトルによる有機化合物同定の演習  practice on structural determination of organic molecules
UCLAのサイトですが,英語できなくても大丈夫です。
https://webspectra.chem.ucla.edu/

上記は一例で,他にもいろいろあります。Web上で検索してみるとよいでしょう。

[番外編](有機)化学にまつわる最新情報など chemistry news
ケムステ
https://www.chem-station.com/


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